「惡魔之紋章」雪花紛飛中，一間老舊的教會。遭人襲擊而瀕臨死亡的母親，卻拿刀子刺進自己的兒子〈京介〉的胸口。在逐漸薄弱的意識中，京介的體內流竄著一股覺醒的脈動。雖然京介被岬真夜給救活了，卻造到"醫院"的刺客–外科醫師兇也襲擊，真夜也被巨大企業，桐原集團給擄走。對於這接二連三的異常事態，神秘男子壬生士郎說出了令人震撼的事實。京介為了救回真夜，於是前往了桐原集團的海上基地…。

「塵世夢一場」媽媽為什麼要殺我呢？我自己到底是誰？京介內心一直悶悶不樂。被桐園集團擄走慘遭人體實驗的真夜，她的慘叫聲傳到了睡夢中的京介心裡。夢裡面，櫻花繽紛的江戶街道上，京介與真夜終於重逢了。但是真夜只留下一句「謝謝」就消失了。內心感到惶恐不安的京介，不聽從士郎的勸告，根據夢中的線索，隻身前往桐原集團所建的「電影村」…。

「髑髏與少女」為了得知母親真的意圖而回到教會的京介，遇到了一個被桐原集團追殺的少女。少女自稱是京介失散的妹妹琉奈，並說殺害水脈的兇手就是桐原。而桐原的戰鬥靈框車正在追殺這名少女。在保護這名少女的攻防戰中，就算受了傷京介也不願意變成靈魂狩獵者。京介之所以不願意變身到底有什著麼樣的理由呢…

「蠢動的暗處」一所被山林所圍繞著全住校制女子高等學校。飄靈者之一的橘沙也佳就讀於此。愛上了溫柔的京介而離開了"醫院"的小麥，自願潛入校園去保護沙也佳，士郎懷疑小麥的動機，不過京介卻接受了她的建議。然而"醫院"的刺客〈精神科醫生鳴神〉卻暗地進行攻擊行動。

「人外魔境」京介潛入了桐原的基地，救走了飄靈者之一的椎名霞。而士郎與小麥為了破壞桐原的飄靈者搜尋器，與京介分頭行動。由於京介在逃走的途中，遭到了偷襲，而在桐原基地內部的實驗都市裡迷失了方向。在這裡面等待他的是"醫院院長"理查。理查變身為靈魂毀滅者，對京介展開猛烈攻擊！！

「成層圈魔城」雖然京介成功地脫離了與父親的生死對決，但卻因為掉落在大氣層的成層圈中而岌岌可危。然而，當京介清醒後發現自己已身在某座古城堡當中。在那裡面，京介遇到了隸屬於"醫院"的怪人-札波，以及與札波同住在一起的飄靈者-秋葉惠。惠把京介當作哥哥看待，於是兩人之間，終於開始發展出兄妹的感情，但就在這時候，惠突然攻擊京介！

「地獄的假面」失去了飄靈者感應能力的京介，為了找尋蛛絲馬跡，決定去找他的父親，也就是理查文生。但是“醫院”已經遭到了桐原的攻擊，而成為一片廢墟了。「“那個”終於已經完成了啊」狼狽不堪的士郎，帶著京介前往桐原的本部。京介的母親─水脈之所以死亡，背後隱藏著什麼真相？而士郎所說的“那個”究竟是...？